Informacija vardynų serijos „Lietuvos gyventojų genocidas“ rengimui buvo pradėta kaupti, sisteminti ir kompiuterizuoti dar „Represijų Lietuvoje tyrimo centre“ (toliau - RLTC), kuris 1992 m. išleido I-ąjį tomą „Lietuvos gyventojų genocidas. 1939–1941“ ir sudarė kitų leidinių serijos tomų rengimo ir leidybos planą.

Reorganizavus Lietuvos gyventojų genocido ir rezostencijos tyrimo centrą, 1997 m. buvęs RLTC tapo Archyviniu vardynų skyriumi, kuris toliau tęsė numatytus darbus. 1998 m. buvo išleista vardyno II-ojo tomo „Lietuvos gyventojų genocidas. 1944–1947 m.“ pirmoji knyga (pavardės A-J), 1999 m.  buvo pakartotinai išleistas papildytas ir patikslintas I-asis tomas.

2003 m. vasario mėn. išleista II-ojo tomo antroji knyga (pavardės K-S). Joje pateikti duomenys apie 33 170 asmenis, patyrusius sovietinio režimo represijas. Be to, šioje vardyno II tomo 2-oje dalyje informacija apie asmenis yra daug išsamesnė ir tikslesnė negu 1998 metais išleistoje 1-oje dalyje, kadangi tuo metu dar nebuvo galimybių rinkti archyvinę medžiagą iš baudžiamųjų, operatyvinių ir tremties bylų. 1-oje dalyje duomenys iš archyvinių dokumentų surinkti tik 10 % tremtinių ir 12 % politinių kalinių, 2-oje dalyje – atitinkamai 72 % tremtinių ir 30 % politinių kalinių. Taip pat rengiant šią knygą buvo panaudotos žmonių užpildytos anketos, surinktos 1999–2002 metais, vykdant Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro atsiminimų rinkimo programą. Daug vertingos informacijos apie suimtuosius asmenis, be teismo ivežtus iš Lietuvos į Komijos lagerius, buvo auta iš Centro KARTA Lenkijoje, su kuriuo bendradarbiaujama nuo 1999 metų.

Įdiegus LGGRTC naują kompiuterinę informacinę sistemą darbai paspartės. Iki šiol vieno tomo, apimančio 25 tūkstančius asmenų, parengimas vidutiniškai trukdavo apie 5 metus.

Numatoma tokia vardynų rengimo eiga: