Įsigiję spaustuvinį šriftą organizacijos nariai išspausdino porą šimtų atsišaukimų, Vasario 16-osios proga pasiuvo ir iškėlė tris tautines vėliavas (Kaune, Vilniuje, Pandėlyje). Organizacijos veikloje dalyvavo apie 12 asmenų. 1958 m. Nijolė kartu su kitais sukūrė organizacijos „Laisvę Lietuvai“ programą, kurioje numatė Lietuvos valstybingumo atkūrimą ir aptarė būsimos demokratinės valstybės modelį. Naujųjų 1958-ųjų proga KPI Statybos fakulteto salėje Nijolė Gaškaitė pažėrė pluoštą atsišaukimų.

1958 m. kovo 14 d. Nijolė Gaškaitė buvo suimta. Nuteista pagal RFSR BK 58-10 1 d. ir 58-11 straipsnius septyneriems metams laisvės atėmimo. Kalėjo Kemerovo sr. Marijinsko r., Irkutsko sr. Taišeto r., Mordovijos ASSR Zubovo-Poliansko lageriuose. 1960 m. kartu su buvusia partizane Jadvyga Žardinskaite-Bartašiene sudarė lageryje įkalintų moterų-politinių kalinių sąrašą, kurį norėjo slapta perduoti JAV ambasadai ir Jungtinių Tautų Organizacijai (deja, sąrašas tikslo nepasiekė).

1965 m. iškalėjusi visą bausmės laiką Nijolė Alfonsa Gaškaitė-Žemaitienė grįžo į Lietuvą ir apsigyveno Šiauliuose. Dirbo Statybos valdyboje darbininke, nuslėpusi teistumą įstojo į KPI neakivaizdinį skyrių. Baigusi Statybos fakultetą dirbo Inventorizacijos biure technike, Kilnojamoje mechanizuotoje kolonoje inžiniere, Statybos ir architektūros MTĮ Šiaulių skyriaus vyr. moksline bendradarbe. Nuo 1989 m. lapkričio mėn. dirbo LR Aukščiausiosios Tarybos – Atkuriamojo Seimo komisijos KGB veiklai tirti darbo grupės nare, 1993–1994 m. – Valstybiniame Lietuvos gyventojų genocido tyrimo centre. Nuo 1997 m. kovo 1 d. vėl dirbo LGGRTC Istorinių tyrimų programų skyriaus specialiste.

Reabilituota 1990 m. birželio 25 d. Remiantis 1997 m. sausio 23 d. LR pasipriešinimo 1940–1990 m. okupacijoms dalyvių teisinio statuso įstatymu Nijolė Alfonsa GaškaitėŽemaitienė pripažinta Laisvės kovų dalyve. 2000 m. vasario 11 d. apdovanota Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino IV laipsnio ordinu.

Pastaraisiais metais Nijolė Alfonsa Gaškaitė-Žemaitienė tyrinėjo partizaninio karo istoriją. Parašė ir išleido studiją „Pasipriešinimo istorija 1944–1953 metai“ (1997 m.), monografiją apie Joną Žemaitį „Žuvusiųjų prezidentas“ (1998 m.), partizanų spaudos publikacijų rinkinį „Partizanai apie pasaulį, politiką ir save“ (1998 m.), romaną „Užverstų šulinių vanduo“ (2000 m.), kuris buvo apdovanotas „Lietuvių balso“ konkurso premija.

1999 m. Nijolei Alfonsai Gaškaitei-Žemaitienei už Lietuvos partizaninio pasipriešinimo istorijos tyrimus buvo paskirta S. Šalkauskio premija, 1994 m. ir 1999 m. –„Į Laisvę“ fondo premijos.

Sunku biografijos faktais atskleisti žmogų, ypač tokį kaip Nijolė. Iki paskutiniųjų gyvenimo dienų ji buvo tikra kovotoja, tuo pat metu – subtilus ir jautrus žmogus…