Mokslinis žurnalas „Genocidas ir rezistencija“ (pradėtas leisti 1997 m.; išeina 2 kartus per metus; publikuojami moksliniai straipsniai ( santraukos anglų kalba), dokumentai ir kt. medžiaga.

• 1997 m. – Nr. 1 ir Nr. 2
• 1998 m. – Nr. 3 ir Nr. 4
• 1999 m. – Nr. 5 ir Nr. 6
• 2000 m. – Nr. 7 ir Nr. 8
• 2001 m. – Nr. 9 ir Nr. 10
• 2002 m. – Nr. 11 ir Nr. 12
• 2003 m. – Nr. 13 ir Nr. 14
• 2004 m. – Nr. 15  ir Nr. 16
• 2005 m. – Nr. 17 ir Nr. 18  
• 2006 m. – Nr. 19 ir Nr. 20
• 2007 m. – Nr. 21

Daugiatomis tęstinis leidinys „Lietuvos gyventojų genocidas“ (sovietinio genocido aukų vardynas)

• „Lietuvos gyventojų genocidas“, I tomas (1939–1941) (A–Ž), 1999
• „Lietuvos gyventojų genocidas“, II tomas (1944–1947) (A–J), 1998
• „Lietuvos gyventojų genocidas“, II tomas (1944–1947) (K–S), 2002
• „Lietuvos gyventojų genocidas“, II tomas (1944–1947) (Š–Ž), 2005

 Monografijos, studijos

Lietuvių kalba

• Arūnas Bubnys, Vokiečių okupuota Lietuva, 1941–1944 m., 1998
• Petras Stankeras, Lietuvių policija, 1941–1944 m., 1998
• Juozas Starkauskas, Čekistinė kariuomenė Lietuvoje 1944–1953 metais (NKVD–MVD–MGB kariuomenė partizaninio karo laikotarpiu), 1998
• Juozapas Romualdas Bagušauskas, Lietuvos jaunimo pasipriešinimas sovietiniam režimui ir jo slopinimas, 1999
• Liudas Truska, Arvydas Anušauskas, Inga Petravičiūtė, Sovietinis saugumas Lietuvoje 1940–1953 metais (MVD–MGB organizacinė struktūra, personalas ir veikla), 1999
• Joachim Gauck, Štazi bylos (Kraupus VDR palikimas), 2000
• Juozas Starkauskas, Stribai (Ginkluotieji kolaborantai Lietuvoje partizaninio karo laikotarpiu, 1944–1953), 2001
• Severinas Vaitiekus, Tuskulėnai: egzekucijų aukos ir budeliai (1944–1947), 2002
• Arūnas Streikus, Sovietų valdžios antibažnytinė politika Lietuvoje (1944–1990), 2002
• Juozas Banionis, Lietuvos laisvės byla Vakaruose (1975–1990), 2002
• Laurynas Jonušauskas, Likimo vedami. Lietuvos diplomatinės tarnybos egzilyje veikla (1940–1991), 2003
• Sunkių traumų psichologija: politinių represijų padariniai, sudarė  Danutė Gailienė, 2004
• Pilietinis pasipriešinimas Lietuvoje ir Lenkijoje: sąsajos ir ypatumai, 1939–1956, ats. redaktorius Arvydas Anušauskas, 2004
• Vilma Vasiliauskaitė, Lietuvos Ir Vidurio Rytų Europos šalių periodinė savivalda, 1972–1989, 2006
• Bronius Genzelis, Imperijai griūvant. Žmonės, įvykiai, procesai, 2006
• Genocido aukų muziejaus ekspozicijų aprašymas, sudarė Virginija Rudienė, Vilma Juozevičiūtė, 2006
• Nijolė Gaškaitė-Žemaitienė, Žuvusiųjų prezidentas. Jono Žemaičio biografija, 1998, 2005, 2007
• Lietuva 1940–1990: okupuotos Lietuvos istorija, vyr. redaktorius Arvydas Anušauskas, 2005, 2007
• Juozas Starkauskas. Represinių struktūrų ir komunistų partijos bendradarbiavimas įtvirtinant okupacinį režimą Lietuvoje 1944–1953 m., 2007
• Arūnas Streikus, Diplomatas Stasys Antanas Bačkis, 2007

Anglų kalba

• Alfonsas Eidintas, Prezident of Lithuania: Prisoner of the Gulag (A Biography of Aleksandras Stulginskis), 2001
• Šarūnas Liekis, A State within a State? Jewish autonomy in Lithuania 1918–1925, 2003
• Siberia. Mass Deportations from Lithuania to the USSR, compiled by Dalia Kuodytė and Rokas Tracevskis, 2004, 2005
  
• The Unknown War. Armed anti-Soviet Resistance in Lithuania in 1944–1953, compiled by Dalia Kuodytė and Rokas Tracevskis, 2004, 2005
  
• Karas po karo/War after War, compiled by Virginija Rudienė, 2004, 2005
  
• The Psychogy of Extreme Traumatisation / The Aftermath of Political Repression, edited by Danutė Gailienė, 2005
• Arūnas Bubnys, The Holocaust in Lithuania between 1941 and 1944, 2005
• The Anti-Soviet Resistance in the Baltic States, 1999, 2000, 2001, 2002, 2006
• The Museum Of Genocide Victims, compiled by Virginija Rudienė, 2006
• Algirdas Jakubčionis, The Unarmed anti-Soviet Resistance in Lithuania in the 1950s and 1960s, 2007

Dokumentų rinkiniai           

Lietuvių kalba

• Partizanai apie pasaulį, politiką ir save (1944–1956 m. partizanų spaudos publikacijos), sudarė Nijolė Gaškaitė-Žemaitienė, 1998
• Lietuvos Helsinkio grupė (dokumentai, atsiminimai, laiškai), sudarė Viktoras Petkus, Živilė Račkauskaitė, Mindaugas Uoka, 1999
• 1941 m. Birželio sukilimas (dokumentų rinkinys), sudarė Valentinas Brandišauskas, 2000
• Rainių tragedija. 1941 m. birželio 24–25 d., parengė Arvydas Anušauskas, Birutė Burauskaitė, 2000
• Lietuvos laikinoji vyriausybė: posėdžių protokolai, sudarė Arvydas Anušauskas, 2001
• Išgelbėję pasaulį... (Žydų gelbėjimas Lietuvoje, 1941–1944), sudarė Dalia Kuodytė, Rimantas Stankevičius, 2001
• Lietuvos kultūra ideologijos nelaisvėje, 1940–1990, sudarė Juozapas Romualdas Bagušauskas ir Arūnas Streikus, 2005

Anglų kalba

• Whoever saves one life... (The efforts to save Jews in Lithuania between 1941 and 1944), compiled by Dalia Kuodytė and Rimantas Stankevičius, 2002, 2006

Atsiminimai, dienoraščiai, publicistika, grožinė literatūra

• Dainavos apygardos partizanų takais (atsiminimai, publicistika), 1997
• Viktoras Ašmenskas, Generolas Vėtra, 1997
• Pragaro vartai – Štuthofas, sudarė Alisa Rupšienė, 1998
• Vorkutos politinių kalinių atsiminimai, sudarė Juozas Krakauskas, 1998
• Gimė Čikagoje, dirbo Lietuvai, žuvo Sibire… (Vytautas Andrius Graičiūnas), sudarė Jonas Rudokas, 1998
• Petras Pečeliūnas, Teisybės kaina ( dokumentinė apysaka), 1998
• Palinko liepa šalia kelio (partizanų dainos), 1998
• Arvydas Vilkaitis, Gyvensim (beletrizuoti memuarai), 1999
• Laisvės kovos Prisikėlimo apygardoje, sudarė Aurelija Malinauskaitė, 1999
• Jonas Žičkus, Nueitas kelias (Kęstučio apygardos partizano atsiminimai), 1999
• Broniaus Krivicko raštai, sudarė Virginijus Gasiliūnas, 1999
• Viktoras Alekna, Ūžė žalia giria (Sovietų prievarta ir laisvės kovos Širvintų rajone 1941–1953), 1999
• Nijolė Gaškaitė-Žemaitienė, Užverstų šulinių vanduo (romanas), 2000
• Algirdas Jėčys, Sutryptos viltys (Dainavos apygardos partizanų vado Domininko Jėčio-Ąžuolio sūnaus atsiminimai), 2000
• Nelaisvės metų atspindžiai, (moksleivių rašiniai konkursui „Lietuvos laisvės kovų ir kariuomenės istorija“), 2000
• Janina Semaškaitė, Priesaika (Jonas Semaška-Liepa), 2000
• Juodųjų dienų sakmės (atsiminimai, dienoraščiai, publicistika), 2001
• Jonas Rudokas, Prarastieji Lietuvos talentai, 2001
• Vincas Seliokas, Atsiminimai, 2001
• Nijolė Gaškaitė-Žemaitienė, Dabar ir visados (romanas), 2001
• Vytautas Vitkus, Pulkininkas Kazimieraitis (Pietų Lietuvos partizanų srities vado Juozo Vitkaus gyvenimas, veikla, šeimos likimas), 2001
• Prakalbinta praeitis (moksleivių rašiniai konkursui „Lietuvos kovų už laisvę, kariuomenės bei netekčių istorija“), sudarė Dalia Kuodytė, 2002
• Su adata širdyje (Getų ir koncentracijos stovyklų kalinių atsiminimai), lietuvių ir anglų k., 2003
• ESAME: Stefanija Ladigienė, sudarė Ema Mikulėnaitė, 2003
• Herman Kruk, Paskutinės Lietuvos Jeruzalės dienos, 2004
• Nijolė Gaškaitė-Žemaitienė, Žuvusiųjų prezidentas. Jono Žemaičio biografija, 1998, 2005
• Sibiro Alma Mater, sudarė Romualdas Balutis, 2005
• Vytas Lukšys, Sustingęs laikas (žuvusiems 1979–1989 m. Afganistano kare atminti), 2005
• Tarp vakar ir šiandien (moksleivių rašiniai konkursui "Lietuvos kovų už laisvę, kariuomenės bei netekčių istorija"), sudarė Dalia Kuodytė, 2006
• Liongino Baliukevičiaus – partizano Dzūko dienoraštis, parengė Algis Kašėta, 2002, 2006
  
• Adolfas Ramanauskas-Vanagas, Daugel krito sūnų…(Partizanų gretose), 1999, 2007