| Pavadinimas |
| Nacistinė okupacija 1941-1944 m. |
| Lietuvos sovietizacija 1940-1941, 1944-1988 m. |
| Antisovietinis pasipriešinimas 1944-1953 m. |
| KGB veikla Lietuvoje |
| Neginkluotas antisovietinis pasipriešinimas 1954-1988 m. |
| Lietuvos laisvinimo byla Vakaruose |
| Lenkijos aneksuota Rytų Lietuva 1920-1939 m. |
| Martirologiniai ir teroro archyvo tyrimai |
| Lietuvos istorija 1940–1990 metais (Programa užbaigta) |
MEMORIALINIS DEPARTAMENTAS
SPECIALIŲJŲ TYRIMŲ SKYRIUS
| Pavadinimas |
| Bendri negrįžtamieji žmonių nuostoliai Lietuvoje 1944-1953 metais |