Rinkinys pradėtas formuoti vos tik įsikūrus muziejui. Jo pagrindą sudaro centriniuose KGB rūmuose Vilniuje rasta istorinė-dokumentinė medžiaga. Pirmiausia – iš partizanų ar jų ryšininkų, rėmėjų saugumiečių konfiskuoti partizanų dokumentai, nuotraukos, leidiniai, nepridėti prie baudžiamųjų bylų – matyt, kaip nebereikalingi teisiamųjų kaltei įrodyti. Dalis šios medžiagos saugumiečių kryptingai surūšiuota, kita saugota padrika. Pastaraisiais metais rinkinys gausiai papildytas gyventojų atneštomis, per ekspedicijas surastomis, kitų organizacijų perduotomis muziejinėmis vertybėmis.  Rinkinys dar tvarkomas, inventorizuojamas, stengiamasi nustatyti slapyvardžiais pasirašiusius asmenis, identifikuoti neatpažintus partizanus. Rinkinyje medžiaga grupuojama į tokius skyrius: dokumentai, nuotraukos, daiktai, raštija.

Vytauto apygardos Kunigaikščio Margio rinktinės partizanai.

Dokumentai. Šią grupę sudaro įsakymai, raportai, raštai, pareigų ėjimo lapai, padėkos, apdovanojimai ir pan. Dokumentai labai informatyvūs: iš jų galima sužinoti apie pareigūnų paskyrimus, organizacinių vienetų sudarymą ar išformavimą, įvykusias kautynes, žuvusiuosius, pasižymėjusius mūšiuose partizanus, juose atsispindi partizanų buities, tarpusavio santykių problemos. Ypač vertingi muziejuje saugomi partizanų dokumentų archyvai (Algimanto, Kęstučio apygardų) bei KGB sudarytas partizanų dokumentų rinkinys.

Dainavos apygardos vadovybės 1948 10 07 išduotas pažymėjimas dėl būrio vado Varmo apdovanojimo pirmąja narsumo juostele. Pasirašė Adolfas Ramanauskas-Vanagas, Benediktas Labenskas (Labėnas)-Kariūnas ir Lionginas Baliukevičius-Dzūkas.

Nuotraukos.Jos sudaro nemažą rinkinio dalį. Jame – laisvės kovotojų, ryšininkų ir rėmėjų nuotraukos. Dauguma jų rasta buvusiuose KGB rūmuose – vadinamajame daiktinių įrodymų kambaryje ir bibliotekoje. Saugumiečiams, aktyviai kovojusiems su partizaniniu sąjūdžiu, buvo aktualu pažinti partizanus, jų įpročius, elgseną ir pan. Matyt, todėl jie sudarinėjo partizanų nuotraukų kartoteką, kurios dalis išliko ir yra saugoma muziejuje. Kitos nuotraukos buvo saugomos nesistemintos. Tarp KGB rūmuose rastų nuotraukų yra ir suplėšytų, keletas – su kulkos paliktomis žymėmis. Jos taip pat yra pokario istorijos liudytojos. Partizanų nuotraukų fonde yra per 600 žuvusių kovotojų nuotraukų. Jos, matyt, darytos saugumiečių, nes mažai kas išdrįsdavo fotografuoti aikštėse ir kiemuose numestus, saugumo agentų stebimus kovotojų kūnus. O jei ir išdrįsdavo, tai ir jie, ir nuotraukos pakliūdavo į saugumiečių rankas.