Музей жертв геноцида учрежден 14 октября 1992 г. приказом Министра культуры и просвещения и Президента союза политических заключенных и ссыльных. Он разместился в том же здании, в котором советские репрессивные структуры – НКВД и НКГБ–МГБ–КГБ – со второй половины 1940 г. вплоть до августа 1991 г. составляли планы ссылок и арестов жителей Литвы, преследования инакомыслящих, подавления стремления народа к восстановлению своей независимости. Для литовского народа это здание является символом 50-летней советской оккупации Литвы, поэтому чрезвычайно важен тот факт, что именно здесь находится музей, который сегодняшнему поколению должен напоминать, а грядущему поколению рассказывать о тяжелых и трагических для народа 1940–1990 годах. Музей уникален тем, что он – единственный в бывших так называемых советских республиках открыт там, где раньше располагалось главное управление КГБ.

В 1997 г. музей был реорганизован. В соответствии с Постановлением Правительства Литовской Республики от 24 марта 1997 г. «О передаче Центра исследований репрессий в Литве и Музея жертв геноцида Центру исследования геноцида и резистенции жителей Литвы» права учредителя музея были переданы Центру исследования геноцида и резистенции жителей Литвы (ЦИГРЖЛ). В настоящее время музей является частью Мемориального департамента этого Центра. Его задача – собирать, хранить, исследовать и пропагандировать историко-документальные материалы, отражающие формы и методы физического и духовного геноцида жителей Литвы, который проводился советским оккупационным режимом, способы и масштабы сопротивления оккупационному режиму.

Директор музея – Эугениюс Пейкштянис