Строительные работы начались весной 1897 г. и были закончены в течение двух лет. 13 октября 1899 г. здание было торжественно освящено. Однако новый дворец, во всяком случае, для литовского народа, не стал символом правосудия. До восстановления независимости 11 марта 1990 г., и даже дольше, пока после августовского путча в 1991 г. не рухнул Советский Союз, в нем почти во все времена работали учреждения оккупационных властей одного или другого государства.

1899–1915 г. г. – Дворец правосудия Виленской губернии Российской империи. Предполагается, что именно в этот период, в 1914–1915 г. г., была сооружена пристройка со стороны улицы Ауку. Документы его строительства не сохранились. Известно только, что весной 1914 г. велись поиски подрядчиков, и что в плане здания 1923 г. пристройка уже отмечена. Именно в ней теперь находится Музей жертв геноцида.

Ноябрь–декабрь 1918 г. – Пункт призыва добровольцев литовской армии, комендантура города Вильнюса. Когда рушились Российская и Германская империи, Совет Литвы, всенародно избранный еще в 1917 г., 16 февраля 1918 г. в Вильнюсе провозгласил, что он восстанавливает независимое государство. Однако независимость еще надо было защитить в ожесточенных боях с внутренним и внешним врагом, прежде всего – с большевиками, которые пользовались поддержкой России. Началось создание литовской армии, и пункт призыва добровольцев и комендантура города Вильнюса открылись во дворце правосудия (тогда его адрес был Георгиевский проспект 36).

Январь–апрель 1919 г. – комиссариаты, революционный трибунал большевистского правительства В.Капсукаса. Только что созданная литовская армия не сумела защитить Вильнюс от наступающих большевиков, которые активно поддерживались Красной армией. В восточной части территории Литвы в течение нескольких месяцев просуществовала так называемая Литовская советская республика.

1920–1939 г. г. – суды оккупационных польских властей. В 1920 г. Вильнюс и Вильнюсский край были захвачены Польшей. До осени 1939 г. здесь работали суды Виленского воеводства. В период польского правления, в 1929-ом, была сооружена пристройка со стороны теперешней улицы Васарио 16-осиос. С тех пор значительные перестройки больше не проводились.

Осень 1940 г.–июнь 1941 г. – Вильнюсское управление НКВД, его следственная тюрьма, с весны 1941 г. – те же учреждения НКГБ. Когда 15 июня 1940 г. Советский Союз оккупировал Литву, начались массовые репрессии: оказавшихся под подозрением или неугодных оккупантам граждан арестовывали, убивали, ссылали. С целью их преследования и уничтожения создавались соответствующие учреждения, расширялась сеть тюрем и арестных домов. Осенью 1940 г. в здании обосновались советские репрессивные учреждения, в полуподвальном помещении здания была устроена тюрьма.

1941–1944 г.г. – немецкая тайная полиция безопасности (гестапо) и СД, ее тюрьма, казарма Вильнюсского особого отряда (нем. Sonderkommando), проводившего акции против евреев и других жителей Литвы. Период нацистской оккупации – один из самых мрачных во всей истории Литвы, потому что за эти годы в Литве было уничтожено около 200 тыс. евреев. Тогда же от нацистов пострадали свыше 45 тыс. людей других национальностей. Теперь на стенах 3-ей камеры открыты надписи заключенных, сделанные в 1941–1944 г. г., когда в здании хозяйничало гестапо. Хотя здесь в заключении находились люди разных национальностей, надписи сделаны в основном на польском языке.

1944–1991 г. г. – подразделение НКГБ (МГБ, КГБ) Литовской ССР и внутренняя тюрьма, в 1959 г. названная следственным изолятором. В настоящее время в здании находятся несколько учреждений: Музей жертв геноцида, Особый архив Литвы, в котором хранятся документы бывшего архива КГБ, Центр исследования геноцида и резистенции жителей Литвы и суды.